Eric Rivals : Curriculum Vitae scientifique

1. Lauréat des "Trophées de l'innovation" 2023 de l'Univ Montpellier (link) dans la catégorie sciences de la vie avec le projet EpiTransDiag (co-lauréats A. David et C. Hirtz).
2. Publication et brevet d'une méthode de diagnostic du gliome (un cancer du cerveau) sept 2022.
3. Invitation au "Leçons de Mathématiques et Informatique d'Aujourd'hui" à Bordeaux 14/04/2022.
4. Mise en lumière de nos travaux sur les génomes de virus dans le Rapport annuel du CNRS 2017.
5. Projet étendard du LABEX NUMEV en 2016 "Information fuelled biophysical models for the control of gene expression (GEM)".
6. Directeur de l'Institut de Biologie Computationnelle 2015-2018
7. Keynote speaker à la German Conference on Bioinformatics 2015.
8. Directeur GdR Bioinformatique Moléculaire 2010-2013 et 2014-2015.
9. La revue Nature publie une note qui distingue l'article de CRAC à sa sortie en 2013.
10. "Chercheurs d'Avenir confirmés" de la Région Languedoc Roussillon en 2010.
11. Prix Dortmunder Gambrinus Fellowship décerné par l'Univ. de Dortmund 2009.
12. L'article (Bonhomme, Rivals et al., Genome Biology, 2007) est évalué comme étant d'intérêt exceptionnel par la (Faculty of 1000 in Biology).

• Nomination Directeur de Recherches (DR) Classe exceptionnelle en 2023
• Nomination Directeur de Recherches (DR) 1 Classe en 2016
• Nomination Directeur de Recherches (DR) 2 Classe en 2008
• Habilitation à diriger des recherches en informatique en 2005 à Université de Montpellier
• Nomination CR1 en 2002
• Entrée CR2 CNRS au LIRMM à Montpellier en 1999
• Postdoctorat au German Cancer Research Center à Heidelberg, RFA, équipe de M. Vingron d'octobre 1996 à septembre 1999
• Thèse d'informatique en octobre 1993 à janvier 1996 au LIFL à Université de Lille

Ma recherche est pluridisciplinaire et se situe dans et à l'interface de trois disciplines : l'informatique, la bioinformatique et la biologie. Elle se partage entre conception algorithmique, réalisations bioinformatiques, et applications en génomique.

Voici quelques mots clés:

1. Algorithmique, algorithmique du texte, optimisation, complexité, combinatoire, structure de données, indexation, compression
2. Bioinformatique, méthodes d'analyse de séquences, analyse séquençage à haut débit, assemblage, recherche de motifs, alignement
3. Génomique, transcriptomique, assemblage de génomes, analyse de séquences répétées, micro- et mini-satellites, évolution

Voir la liste complète disponible sur le oueb.

1. Multivariate Analysis of RNA Chemistry Marks Uncovers Epitranscriptomics-Based Biomarker Signature for Adult Diffuse Glioma Diagnostics S. Relier, A. Amalric, A. Attina, I.B. Koumare, V. Rigau, F. Burel Vandenbos, D. Fontaine, M. Baroncini, J.P. Hugnot, H. Duffau, L. Bauchet, C. Hirtz, E. Rivals, A. David Analytical Chemistry, 94, 35, 11967–11972, 2022.
2. De novo assembly of viral quasispecies using overlap graphs Jasmijn Baaijens, Amal Zine El Aabidine, Eric Rivals, Alexander Schoenhuth Genome Research, 27: 835-848, 2017.
3. LoRDEC: accurate and efficient long read error correction L. Salmela, E. Rivals Bioinformatics, (24): 3506-3514, 2014.
4. CRAC: an integrated approach to the analysis of RNA-seq reads N. Philippe, M. Salson, T. Commes, E. Rivals Genome Biology, 14:R30, 2013.
5. Species-wide distribution of highly polymorphic minisatellite markers suggests past and present genetic exchanges among House Mouse subspecies F. Bonhomme*, E. Rivals*, A. Orth, G.R. Grant, A.J. Jeffreys, P.J. Bois. *: joint first co-authors Genome Biology, Vol. 8, p. R80, 2007.
6. Combinatorics of Periods in Strings E. Rivals, S. Rahmann Journal of Combinatorial Theory - Series A, 104(1), p. 95-113, October 2003

• Projet NUMEV sur le phénomène de rechute dans le Myélome Multiple (cancer de la möelle osseuse). Bioinformatic, network based, investigation of molecular pathways involved in relapse in Multiple Myeloma. Collaborateur: Dr. Jérôme MOREAUX (IGH, CHU Montpellier), 2024.
• Projet d'innovation et de maturation technologique EpiTransDiag, co-porteurs A. David, C. Hirtz, financement SATT AxLR, 2023-2025 (link).
• Projet BIO-PEA financement "Plan de relance" avec compagnie SPYGEN, Bioinformatic Optimisations for Proficient eDNA Analysis, co-porteur Dr. F. Pardi, 2022-2023.

Dans ces projets, je suis responsable de l'équipe LIRMM, ou de la partie bioinformatique du projet.

• Projet Institut National du Cancer (INCA), AAP PLPBIO, RNaSIST 2023-2026, porteur V. Marcel (CRCL Lyon).
• Projet Institut National du Cancer (INCA), AAP « Programme de recherche translationnelle en Cancérologie - PRTK 2022-23 », EPIGLIO 2023-2027, porteur A. David (IGF Montpellier).
• Projet Ligue Contre le Cancer AnaLyse des marqueurs tumoraux CirculaNts sAnguins ALCINA 2, porteuse A. Darlix (ICM), 2022-2023. Responsable LIRMM.
• Consortium européen Int. Training Network (ITN) ALPACA ALgorithms for PAngenome Computational Analysis, 14 bourses de doctorat en Europe 2021-2024, porteur Univ. Bielefeld. Responsable LIRMM.
• Projet Fondation ARC, TRANSLATOL Role of translational control in the colorectal cancer cell plasticity in response to 5-FU: impact on tumor recurrence. 2021-2024, 36 mois. Porteur J-J. Diaz (CRCL Lyon); Responsable LIRMM.
• Projet Institut National du Cancer (INCA), AAP PLPBIO, SCORE 2021-2024. Porteur A. David (IGF), 4 partenaires; Responsable LIRMM.
• Projet Institut National du Cancer (INCA), AAP PLPBIO, projet FluoRib - La face cachée du 5-Fluorouracile: Impact sur le contrôle traductionnel et conséquences sur la plasticité des cellules cancéreuses., porteur JJ. Diaz (CRCL Lyon), 5 partenaires (2018-21), responsable LIRMM.

1. Projet étendard du Labex Numev, GEM "Information fuelled biophysical models for the control of gene expression", porteur adjoint Prof. J. Palmeri, 2017-2021.
2. Institut de Biologie Computationnelle (IBC) directeur (2015-18), (2 millions d'euros); responsable du Workpackage "Bioinformatics for High Throughpout Sequencing" (2012-18)
3. Institut Français de Bioinformatique (IFB), projet CORGEN "Assembly for 3rd generation sequencing reads" (2016-2018), "Correction de longues lectures", (24 mois CDD ingénieur)
4. France Génomique, co-responsable du Workpackage 2.5 "Transcriptome" (2013-2019) avec D. Gautheret d'Orsay, (36 mois CDD ingénieur)
5. Projet Fondation pour la Recherche Médicale (FRM) 2014-2017 co-porteur avec J. Pannequin de l'Institut de Génomique Fonctionelle de Montpellier. 250 KE
6. Défi "Big Data" MASTODONS (2017), projet C3G sur la correction de séquences, comportant 5 labos français et un belge; (25 KE/an)
7. ANR blanche "Colib'read" "Méthodes d’extraction d’information biologique dans les données HTS non assemblées" (2013-16), responsable pour l'équipe du LIRMM; (137 KE pour le LIRMM)
8. Projet Labex NumEV "Assembling the reference genome of a marine algae for assessing its biodiversity." avec Lab. Arago (Banyuls/Mer, UPMC) (2013-2014); 40KE postdoc
9. Défi "Big Data" MASTODONS (2012-16), projet SeqPheHD++ comportant 5 labos français; (370 KE)
10. PEPS CNRS "Algorithmes d'identification de transcrits chimères dans les données de transcriptome haut-débit et implications en cancérologie".
11. ANR Blanche CoCoGen (2008-2012) "Comparison of Complete Genomes : an algorithmic and statistical approach to investigate the mechanisms of bacterial genome evolution" avec INRA unités UBLO et MIG, et SupAgro Paris Tech.
12. ACI IMPBio RepEvol 2004-2007 avec l'INRIA Nancy, CEFE Montpellier, IGH Montpellier, Univ. Boston.
13. Responsable du groupe Algorithmique pour la génomique du programme MathSTIC du CNRS financé à hauteur de 9KE pour une année juin 2005 à juin 2006.
14. Responsable de l'Action Spécifique Algorithmes des séquences, indexation de motifs du département STIC du CNRS avec G. Kucherov (INRIA Nancy), août 2003 à août 2004.
15. Responsable de l'Action Spécifique Algorithmes et séquences du département STIC du CNRS avec G. Kucherov (INRIA Nancy) et T. Lecroq (Univ. Rouen). 2002-2003, financement 20 KEuros.
16. Projet Inter-EPST Bioinformatique. Évolution intra-génomique des séquences répétées. 2000 à 2003, financement 250KF.
17. Co-responsable du projet Clustering d'EST pour la fabricatin de puces à ADN avec M. Vingron au DKFZ; 1998-1999, financement Deutsches Human Genome Project.

1. Concours scientifique auprès de la socété Cyberna, 2024-.
2. Projet Plan de relance avec entreprise SpyGen, 2022-2023.
3. Logiciels pour l'analyse de données de métabarcoding, Entreprise SpyGen, 2021
4. Participation industrielle de DEiNOVE au projet ALPACA 2020-2024

1. Sanjana Govindaswamy (2024-2026) ingénieur, projet de maturation technologique, Univ. Montpellier, financement SATT AxLR.
2. Marion Buffard (2022-2024) ATER puis postdoc Univ. Montpellier, financement projet NUMEV (2024).
3. Céline Mandier (2022-2023) projet TRANSLATOL, financement INCA. Analyses de transcriptome, traductome et protéome pour études en cancérologie.
4. Nikolay Romashchenko (2022) projet logiciels pour l'analyse de données en métagénomique. Financement LIRMM.
5. Benjamin Linard (2022-2024) projet Plan Relance, en collaboration avec entreprise SpyGen.
6. Bastien Cazaux (2020-2021) projet IFB. Actuellement, MdC Univ. Lille.
7. Benjamin Linard (2020) projet France Génomique. Actuellement, entreprise SpyGen.
8. Julie Ripoll (2019-) projet GEM financement Labex NUMEV, projet INCA FluoRib
9. Guillaume Scholz (2018-2020) projet BAPSIM financement MUSE
10. Damien Paulet (2013-2018) projets Traduction et IBC, financements FRM et PIA
11. Julien Veyssier (2017-2018) projet CORGEN financement IFB
12. Rodrigo Canovas (2015-2017) projet IBC financements PIA
13. Amal Makrini (2014-2016) projet Transcriptome financement France Génomique
14. Vincent Maillol (2013-2014) projet Transcriptome financement France Génomique
15. Maxime Hébrard (2013-2014) projet Algue marine financement Labex Numev
16. Nicolas Philippe (2012-2013) projet Chimères financement ARC

1. Victoire de Viry 2024-2027, "Exploiter la chimie de l’ARN pour la reprogrammation immunitaire dans les maladies inflammatoires", ED CBS2, Co-encadrant: Alexandre David (IRCM)
2. Jordan Moutet 2022-2025, "Traitement des insertions et délétions de séquences en bioinformatique. De la reconstruction des séquences ancestrales jusqu'à l'alignement multiple et la métagénomique", bourse MNERT, co-encadrant: Fabio Pardi (LIRMM).
3. Pengfei Wang, 2021-2024, "Pangenomics: algorithms and applications", projet ALPACA.
4. Nikolay Romashchenko, soutenance 15 décembre 2021, début: oct. 2018, "Computing informative k-mers for phylogenetic placement", Co-encadrant: Fabio Pardi (LIRMM)
5. Sébastien Relier, soutenance 1 décembre 2020, thèse en biologie, Co-encadrant: Alexandre David (IGF). Actuellement post-doctorant National Institute of Health USA.
6. Sylvain Pulicani. soutenance 28 nov. 2018. "Réarrangements et chromatine". Co-encadrant: Giacomo Cavalli (IGH) et Krister Swenson (LIRMM).
7. Bastien Cazaux, soutenance 7 décembre 2016. "Lien entre structures d’indexation et problèmes sur les superchaines". Actuellement, MdC Univ. Lille. url: https://www.theses.fr/2016MONTT307
8. Pierre Riou. Univ. Montpellier. non soutenue. 2008-2012. "Calculs d'intervalles de gènes communs pour la comparaison de génomes". Co-encadrement : Annie Chateau.
9. Nicolas Philippe, doctorat Montpellier 29 septembre 2011. "Développement de méthodes et d'algorithmes pour la caractérisation et l'annotation des transcriptomes avec les séquenceurs haut débit". Co-encadrant: T. Commes. Actuellement, entreprise SeqOne.
10. Raluca Uricaru, doctorat Montpellier 14 Décembre 2010. "Algorithmes de comparaison de génomes appliqués aux génomes bactériens". Actuellement Maitre Conférences Univ. Bordeaux I, LABRI
11. Sébastien Leclercq, doctorat Montpellier 19 décembre 2007. Co-encadrant: Philippe Jarne (CEFE). Actuellement, chercheur en Infectiologie et Santé Publique, INRAE, Nouzilly, France.
12. François Nicolas, doctorat Montpellier 13 décembre 2005. "Algorithmique du texte : recherche de motifs et calcul de consensus".
13. Sèverine Bérard, doctorat Montpellier 5 décembre 2003. "Comparaison de séquences répétées en tandem et application à la génétique". Actuellement Maitre Conférences Univ. Montpellier
14. Jean Stéphane Varré, doctorat Univ. Lille I, 10 juillet 2000. "Concepts et algorithmes pour la comparaison de séquences génétiques : une approche informationnelle". Encadrant principal: JP. Delahaye. Actuellement, Prof. Univ. Lille I.

1. Sven Rahmann, Univ. Heidelberg, 2000. "Word statistics in random texts and applications to computational molecular biology". Actuellement, prof. Univ. Saarland, Saarbrücken, Allemagne.

1. Paul Medout-Marere 2023. Master Bioinformatique I, Montpellier. Projet bibliographique Indexation Multi-Génome, structure et applications soutenu 12/01/24.
2. Jordan Moutet 2022. Master Math Informatique, Montpellier. Inférence des patrons ancestraux de présence/absence d’insertions et délétions dans les séquences biologiques co-encadrement Fabio Pardi.
3. Benoit Penel 2022. Master Bioinformatique, Montpellier. Extension de l’outil de benchmarking PEWO, dédiée au Placement Phylogénétique. co-encadrement B. Linard.
4. Marie Mille 2021. Master Info. BCD. "Recherche de motifs probabilistes : le cas des Matrices Poids Position dinucléotidiques (di-PWM)". Co-encadrants: J. Ripoll, B. Cazaux.
5. Benoit Aliaga 2021. Master Info. BCD. "Développement d'un pipeline d'analyse de données de scRNA-seq pour étudier les effets du micro-environnement des adénomes hypophysaires". Co-encadrants: J. Ripoll, P. Bertolino.
6. Charlotte Dubec 2021. AgroParisTech. "Algorithmes de recherche de motif pour le démultiplexage". Collaboration SpyGen. Co-encadrants: B. Cazaux, B. Linard.
7. Samuel Juhel 2017. "Calcul de superchaînes". Co-encadrant: B. Cazaux. Master Info.
8. Valentin Klein 2017 "Profil et correction d'erreurs dans les longues lectures de séquençage" Master Info BCD.
9. Quentin Desmettre 2015. "Réoptimisation de superchaîne" Ecole Ingénieur ISIMA. Co-encadrant B. Cazaux.
10. Bastien Cazaux 2013. "Étude et Comptage : reconstruction de l'arbre compact des suffixes". Master mathématiques et informatique
11. Sarah Sini 2010 "Unicité des fenêtres d'un génome par recherche de mots". Master informatique.
12. Benjamin Sèverac 2008. "Comparaison de génomes et distance de transformation". Master informatique. Encadrants : Sèverine Bérard et Éric Rivals
13. Vanessa Douttez 2008. "Comparaison de génomes : Chaînage avec chevauchement". Master informatique. Co-encadrants: R. Uricaru et A. Chateau.
14. Valentin Guignon, 2006. "Alignement multiple de séquences répétées", Master de bioinformatique, Univ. du Québec (UQAM).
15. Raluca Uricaru 2006. "Hidden Markov Models for the Detection of Motif Repeats in Protein Sequences". Master Thesis, École Normale Supérieure of Lyon.
16. Leila Aouati 2005. "Comparaison de répétitions en tandem". Master informatique
17. Rémy Orain, 2004. "Répétitions en tandem dans les protéines". Master informatique (non soutenu pour cause d'embauche).
18. Eric Fontanillas, 2002. Master Physiologie Végétale Appliquée. "Utilisation d'un modèle informatique d'alignement de cartes MVR pour l'étude phylogénétique du minisatellite humain MS205".
19. Edmond Torres, 2001. "Algorithmes de recherche de motifs par filtration". Master informatique
20. Sèverine Bérard, 2000. "Reconstruction d'histoire de répétitions en tandem". Master informatique
21. Jean-Stéphane Varré 1996, Université de Lille I, "Distances basées sur des notions de compression de données et application à la phylogénie". Master informatique. Encadrant principal: JP. Delahaye.

1. Richa SU, Univ. Paris. 2020. Master 2 Ingénierie Mathématique et Biostatistique. Apprentissage automatique sur les données de spectroscopie de modification d’ARN pour distinguer des stades de cancers.

1. Antoine Limasset, 2012. "Indexations de séquences courtes". Actuellement, doctorant à IRISA de Rennes, GenScale team.
2. Jin Li. 2014. ENS Cachan. "Combinatoire des corrélations de mots finis." Co-encadrant : Bastien Cazaux.
3. Maria Khartchenko. 2022 Princeton University, USA. "Analyse de séries longitudinales de profil de traduction des ARN"
4. Artus Bleton Pascal, 2024, Polytech Lille, France. "Développement d'une librairie C++ pour l'énumération des ensembles de périodes de mots finis"
5. Léonard RIVALS, 2024. Université de Rennes. "Analyse par apprentissage automatique de données de l'épitranscriptome issues d'organes de souris à différents stades de développement."

• Université de Lille : Igor Martayan, (2023-2026) "Représentation d'ensemble de k-mers préservant la localité" (lien) encadrants Camille Marchet et Jean-Stéphane Varré, Laboratoire Centre de Recherche en Informatique, Signal et Automatique de Lille (CRIStAL - CNRS/Centrale Lille/Université de Lille)
• Université Bretagne Loire: Garance Gourdel "Sketch-based approaches to processing massive string data" (2020-2023; encadrants. Pierre Peterlongo et Tatiana Starikovskaya).
• Université de Montpellier: Ankit Diwedi (thèse 2016; E. Cornillot), François Richard (thèse 2016; A. Kajava), Maximilien Servajean (thèse 2015; E. Pacitti), Mireille Lejeune (thèse 2005; J. Marti)
• Université Paris-Sud 11, Orsay - INRA Versailles : José Hernandez Mora (thèse 2010; F. Budar)
• Université de Lyon: Anne-Sophie Sertier (thèse 2009; D. Kahn)

1. Workshop international "Data Structures in Bioinformatics" Montpellier, 14-15 March 2024. 60 participants
2. Workshop Colib'read, 7-8 novembre 2016 à Paris.
3. France Génomique Workshop WetLab and Bioinformatics in Montpellier, 9-10th May 2016.
4. Workshop international "Data Structures in Bioinformatics" Bielefeld, Allemagne, February 23-24, 2016.
5. Colloque de Bioinformatique du GdR BIM, Paris, 7-8 octobre 2015
6. First international Workshop "Data Structures in Bioinformatics" Montpellier 8-9 Dec. 2014.
7. Workshop SeqBio, Montpellier, nov. 2014
8. Colloquium "Indexing for scientific big data", Paris 15th Jan 2014.
9. Workshop SeqBio in Montpellier 25-26 Nov. 2013
10. Colloque de Bioinformatique Moléculaire du GdR BIM, Paris 19 et 20 novembre 2013
11. Workshop international VARIAHTON 2013 Udine Italie, 21 May 2013.
12. Session "Galaxy Tour de France" (avec l'équipe Galaxy), Montpellier, 29 mai 2012.
13. Journées du GdR BiM 2012 http://mig.jouy.inra.fr/?q=fr/journees-gdrbim-2012 Paris.
14. Colloque Bioinformatics and High Throughput Sequencing - 2011 Paris, mars 2011.
15. Colloque Bioinformatique pour le séquençage haut-débit 2010, Paris, mars 2010.
16. Conférence JOBIM à Nantes en 2009.
17. Workshop SeqBio et groupe Comatege des GdR Bioinformatique et IM à Montpellier en 2010.
18. Réunion thématique "Algorithmique génomique" Orsay 24-25 novembre 2005
19. Workshop SeqBio et groupe Comatege des GdR Bioinformatique et IM à Montpellier en 2003.
20. Rencontre sur l'algorithmique des séquences Nancy, 20-21 janvier 2003
21. Journées Actions Spécifiques autour de Algorithmique et la Génomique en 2002 à Montpellier.
22. Réunion "Algorithmes pour la bioinformatique" Action spécifique du département STIC du CNRS, Montpellier, 11-12 mars 2002
23. Conférence JOBIM à Montpellier 2000.
24. École thématique du CNRS "Analyse in-silico de séquences génomiques" à Marseille, 17 au 28 juillet 2000.
25. Rencontre Roche - DKFZ à Heidelberg Allemagne 1999.
26. Lille Rencontres GdR "Informatique et génomes" Lille sept 1994.

1. Journées de l'IBC à Montpellier en 2012, 2014, 2016, 2018
2. Formation programmation avec librairie GATB (avec équipe GATB) à l'IBC, Montpellier, 16 Juin 2017.
3. Viral Metagenomics Workshop, at IBC Montpellier, 27-28th April 2017, avec N. Rascovan (Marseille), Montpellier, France
4. Workshop Mastodons Montpellier "Gestion de données à grande échelle en Sciences de la Vie" décembre 2012
5. Inauguration Institute of Computational Biology IBC Montpellier 1 octobre 2012 http://www.ibc-montpellier.fr/
6. Journée du Département Informatique, Montpellier, mars 2007.
7. Séminaires de la Génopole de Montpellier 2003-2004.
8. Journée du Département Informatique Fondamentale et Appliquée du LIRMM, Mèze, 29 novembre 2001.

1. ECCB European Conference on Computational Biology 2014
2. JOBIM 2009

1. 23rd Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI) 2023, Sept, Houston, Texas
2. 22nd Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI) 2022, Sept, Postdam, Germany
3. 21st Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI) 2021, August 2-4, Chicago (virtual)
4. 46th International Conference on Current Trends in Theory and Practice of Computer Science (SOFSEM 2021); Bolzano-Bozen, Italy January 25-28, 2021.
5. 20th Workshop on Algorithms in Bioinformatics WABI 2020
6. 46th International Conference on Current Trends in Theory and Practice of Computer Science (SOFSEM 2020); Limassol, Cyprus, January 20-24, 2020.
7. 19th Workshop on Algorithms in Bioinformatics WABI 2019
8. 18th Workshop on Algorithms in Bioinformatics WABI 2018
9. 24th International Symposium on String Processing and Information Retrieval SPIRE 2017
10. 28th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching, CPM 2017
11. NGS Conference - Structural variation and population genomics 2017
12. ECCB European Conference on Computational Biology: 2003, 2008, 2012, 2014, 2016
13. RECOMB-SEQ RECOMB Satellite Workshop on Massively Parallel Sequencing: 2016
14. NGS Conference - Genome Annotation: 2016
15. IEEE BIBM International Conference on Bioinformatics and Biomedicine: 2015, 2016
16. RECOMB Comparative Genomics: 2010, 2013
17. Bioinformatics: 2010, 2011, 2012
18. International Conference on Digital Information and Communication Technology and its Applications (DICTAP): 2011
19. STACS International Symposium on Theoretical Aspects of Computer Science: 2008

1. JOBIM Conférence française de bioinformatique: 2010, 2012, 2013, 2015, 2018, 2019, 2020, 2022, 2023, 2024.
2. Brazilian Symposium on Bioinformatics (BSB): 2018
3. Workshop SeqBio SeqBIM: 2002, 2003, 2005, 2010 à 2016, 2017 à 2022, 2024
4. Journées Scientifiques du Réseau Francophone de Métabolomique et Fluxomique: 2016.
5. German Conference on Bioinformatics en 2007.

1. BMC Bioinformatics depuis 2008.
2. NAR Genomics and Bioinformatics depuis 2019.
3. Dataset Papers in Biology (section Bioinformatics) 2012-2017.
4. The Open Bioinformatics Journal 2010-2015
5. The Open Applied Informatics Journal 2007-2013

1. Juliana SILVA BERNARDES habilitation en ingénièrie, Sorbonne University, Faculty of Science, Paris, France, sept 2023
2. Hugues Richard habilitation en bioinformatique, Sorbonne University, Faculty of Science, Paris, France 14/02/2022 "Statistical methods for analysing high throughput sequencing data"
3. Damien Eveillard habilitation en informatique, Univ. Nantes en 2020, "From Systems Biology to Systems Ecology: a computational journey through biological scales"
4. Laurent Mouchard habilitation en informatique, Univ. Rouen en 2016, "Contributions algorithmiques à l'analyse des séquences génomiques"
5. Nicolas Thierry-Mieg habilitation en informatique Univ. Joseph Fourier Grenoble en 2013 à Grenoble; "Smart-pooling et interactomes".
6. Cédric Chauve habilitation en informatique, Univ. Vancouver et Bordeaux I en 2011, "A la recherche des génomes perdus : Modèles, Méthodologies et Algorithmes pour la Comparaison de Génomes"

1. Raluca Uricaru, habilitation en informatique, Univ. Bordeaux, prévue le 11 février 2025.
2. Matthias Zytnicki habilitation en bioinformatique, INRAE Toulouse, 13 avril 2022, "Méthodes informatiques pour l’analyse de données de séquençage de petits ARN".
3. Anna-Sophie Fiston-Lavier habilitation en biologie évolutive, Université de Montpellier, 4 avril 2022, "Les éléments transposables : Impact sur la structure et l'évolution des génomes".
4. Guillaume Blin habilitation en informatique Université de Marne-la-vallée en 2012, "Combinatorial Objects in Bio-Algorithmics: Related problems and complexities"; lundi 18 juin 2012.

1. Garance Gourdel, Dir. Tatiana Starikovskaya and Pierre Peterlongo, Univ. Rennes I, 2021-2023
2. Ankit Dwivedi, Dir. Emmanuel Cornillot, IRCM, Univ. Montpellier, 2014-2015
3. Francois Richard, Dir. Andrei Kajava, CRBM, Univ. Montpellier, 2013-2015
4. Maximilien Servajean, Dir. Esther Pacitti, Univ. Montpellier, 2012-2014
5. Emilie Dumas, Dir. Mylène WEIL, Inst. des Sciences de l'Évolution (ISE-M), Univ. Montpellier, 2011-2012
6. Anne-Sophie Sertier, Dir. Daniel KAHN, L. Biométrie et Biologie Evolutive, Université Lyon 1, 2009

• National Science Centre (NCN) Poland, 2023. NCN is a government agency set up in 2011 to support basic research in Poland.
• Banque Publique d'Investissements (BPI France), 2020
• Le Fonds québécois de la recherche sur la nature et les technologies Canadien
• Swiss National Fondation 2016, 2020

• 2020 Laboratoire "Techniques de l’Ingénierie Médicale et de la Complexité" TIMC-IMAG

1. COST European Network TRANSLACORE (CA21154): Co-leader of Working Group 3 Bioinformatics.
2. Directeur du GdR de "Bioinformatique Moléculaire" de 2010-2015
3. Comité scientifique du GdR de "Bioinformatique Moléculaire" depuis 2016
4. Membre du Comité d'Orientation Scientifique du GdR MaDICS depuis sa création en 2015.
5. Membre d'une commission de recrutement de l'INRA pour les concours CR en 2015.
6. Membre d'une commission de recrutement de l'INRA pour les concours CR en 2010.
7. Membre du Conseil d'Administration de la S.F.B.I. (Société Française de Bioinformatique) de 2007 à 2010.
8. Correspondant Europe du du GdR de "Bioinformatique Moléculaire" depuis 2022.

1. Membre du comité de pilotage scientifique du SIRIC Montpellier (2023–)
   SIRIC: Site de recherche intégrée sur le cancer.
2. Responsable scientifique de la plateforme de Bioinformatique ATGC depuis 2016.
3. Responsable des formations "Bioinformatique pour les NGS" et "Linux et script pour la bioinformatique" proposées par CNRS Formation depuis 2015.
4. Labex Numev, co-responsable du Projet Intégré "ADN et génomes" 2015-2016.
5. Membre commission Bioinformatique de l'Université de Montpellier, 2016-2017. Cette commission n'a pas de statut officiel.
6. Membre du comité de direction de l'Institut de Biologie Computationnelle (IBC) depuis 2012.
7. Responsable du Département-Informatique du LIRMM de mai 2007 à 2010 (90 permanents, 100 non permanents, 13 équipes).
8. Membre du Conseil Doctoral de la Spécialité Informatique de l'Ecole Doctorale de Montpellier depuis 2008.
9. Membre du Comité de Sélection (ou COSE) d'Informatique de l'Université de Montpellier, depuis 2008.
10. Membre du Conseil Scientifique du LIRMM de 2012 à 2014.
11. Membre du Comité de Sélection de l'université d'Aix Marseille en 2010.
12. Membre élu du Conseil de Département de Recherche STICS de l'Université de Montpellier 2 de 2005-2008.
13. Responsable des séminaires bioinformatique du LIRMM de 2005 à décembre 2007.
14. Membre des Commissions de Spécialistes section 26-27 de l'Université de Montpellier 3 (U. Paul Valéry) de 2005 à 2009
15. Membre de la Commissions de Spécialistes section 27-61 de l'université de Perpignan de 2002 à 2004.
16. Membre de la Commissions de Spécialistes section 27 de l'université de Montpellier II de 2001 à 2004.
17. Membre du Conseil de laboratoire du LIRMM de février 2001 à mars 2003.

1. École d'été interdisciplinaire "Open access, Open data et données" organisée par l'Université de Strasbourg, 19-21 juin 2018. Annonce Lien
2. Plateforme ATGC : formations au catalogue CNRS Formation 2015-2018
3. École internationale de Bioinformatique Tunis, sep. 2014 organisée par l'Institut Pasteur et l'European Molecular Biology Organisation Annonce
4. École de Printemps d'Informatique Théorique ile d'Oléron, mai 2014 Annonce
5. Next Generation Sequencing, Bioinformatics Spring School from NOVA network (The Nordic Forestry, Veterinary and Agricultural University Network) march 2012, Enaforsholm Sweden
6. International Summer School in Paleogenomics, organisée par CNRS, 17-21 octobre 2011, Cargèse, France. Annonce

• Formation à la Bioinformatique, Institut de Recherche pour le Développement (IRD), 1 semaine, novembre 2002.
• Formation à la Bioinformatique, Institut de Recherche pour le Développement (IRD), 1 semaine, avril 2004.

• Module "Algorithmique du texte" Master d'informatique M1 ; 2010-2018
• Module "Bioinformatique avancée" Master d'informatique M2 (anciennement DEA) ; 1999-2018

1. France Génomique depuis sa création en 2012
2. Institut Français de Bioinformatique (IFB) depuis sa création 2012
3. Aviesan depuis 2016
4. Cancéropôle Grand Sud Ouest (GSO) depuis 2009 Liens http://www.canceropole-gso.org/page/plateformes/469-bioinformatique-biostatistique.html et http://www.canceropole-gso.org/download/fichiers/2810/p30.pdf

1. Brevet international n° WO/2023/006588 Method for characterising a tumour, publication 02.02.2023, instituts: CHU Montpellier, Université Montpellier, INSERM et CNRS.
2. Demande de brevet n° 2108279 du 29/07/2021, Procédé d'évaluation du degré de malignité d'une tumeur gliale, déposé par INSERM Transfert, instituts: CHU Montpellier, Université Montpellier, CNRS et INSERM.
3. M. Méchali, C. Cayrou, P. Coulombe, E. Rivals, P. Prorok, Purification process of nascent DNA, patent n° US 20150267208 (2015), 20150267208 (2018), 20190093147 (2019)
4. M. Méchali, C. Cayrou, P. Coulombe, E. Rivals, Purification process of nascent DNA, patent n° US 61/238 315 (2011) and European patent EP2473623 (2012).

• Logiciel QOD : licence numéro IDDN.FR.001.440001.000.S.C.2011.000.31.235

1. Project BIO-PEA with company SpyGen, "Bioinformatic Optimisations for Proficient eDNA Analysis", Funding "Plan de relance", 2022-2023. Supervisor of an engineer from SpyGen.
2. Assessor for BPI France ("Banque Publique d'Investissements"), 2020.
3. H2020 ITN "ALPACA" #956229; agreement with several companies including Deinove, 2020-2024.
4. Consultant with non disclosure agreement for company Deinove, 2018.
5. Consultant with non disclosure agreement for company ABIVAX (ex-Splicos) 2017.

• janvier 2021 : financement IBISA d'un ingénieur (12 mois)
• novembre 2019 : actualités sur le site de Institut Français de Bioinformatique
• octobre 2019 : LoRDEC accepté comme ressources ELIXIR
• juillet 2019 : actualité sur le site de France Génomique

• Institut Français de Bioinformatique IFB (depuis 2014 – plateforme fondatrice)
• France Génomique : réseau des plates-formes françaises de génomique et de bio-informatique les plus performantes (depuis 2012 – plateforme fondatrice)
• Aviesan Alliance nationale pour les sciences de la vie et de la santé
• Cancéropôle Grand Sud-Ouest : fiche (depuis 2009)
• IBISA (depuis 2006)
• Renabi